Het bedrijf wilde oorspronkelijk een grote suikerrietplantage ontwikkelen en bouwde de eerste distilleerderij in Chichigalpa (ongeveer 120 km van Managua) aan de voet van de San Cristóbal-vulkaan. Na de bouw van de distilleerderij, duurde het tot 1937 voordat Flor de Caña formeel werd geïntroduceerd op de Nicaraguaanse markt, waarbij Flor de Caña Etiqueta Amarilla en Flor de Caña Etiqueta Roja de eerste twee smaken waren. In 1959 werd het voor het eerst geëxporteerd naar Venezuela, Costa Rica en andere Midden-Amerikaanse landen. Tussen 1963 en 1965 onderging de distilleerderij in Chichigalpa moderniseringsupdates. Acht jaar later werd in Honduras een tweede distilleerderij gebouwd. Tijdens de jaren tachtig werd Flor de Caña in grote hoeveelheden opgeslagen als gevolg van de Nicaraguaanse revolutie. Tegen 1990 had Flor de Caña de grootste voorraad gerijpte rum ter wereld. De distilleerderij in Chichigalpa werd in 1996 volledig gemoderniseerd.